Tussen Den Helder in Noord-Holland en Esbjerg in Zuid-Denemarken strekt zich de Waddenzee uit. Een gebied op de grens van land en zee, dat door de getijdenwisseling en de wisselende invloed van zout zeewater en zoet water dat wordt aangevoerd vanaf het land, een geheel eigen planten- en dierenwereld kent. It Fryske Gea beheert drie terreinen in dit gebied: de Peazemerlannen, Noard-Fryslân Bûtendyks en een waardevol kweldergebied bij het duinlandschap van ’t Oerd en De Hon op Ameland.
Het waddengebied is één van de weinige natuurlijke landschappen van Nederland. Het is een ‘creatie’ van de zee, die zorgt voor materiaal en structuur. Het waddengebied heeft een gevarieerde bodemsamenstelling en sterk wisselende milieu-omstandigheden, waardoor het een geheel eigen plantenleven kent. Daarnaast komt er een typische wadfauna voor, van op en in de bodem levende wormen, schelpdieren en kreeftachtigen. Het is bovendien een kraamkamer voor verschillende vissoorten. Het in groten getale voorkomen van al deze dieren lokt veel vogels aan. Het waddengebied ligt voor veel vogels op de trekroute tussen Afrika en Noord-Skandinavië en is dan ook als rust- en foerageergebied voor vogels van grote internationale betekenis.
Ontstaan en ontwikkeling van het waddengebied
De kenmerkende ligging van de wadden, tussen de waddeneilanden en het vasteland, is rond 500 v. Chr. tot stand gekomen. Ongeveer waar zich nu de waddeneilanden bevinden, lag vóór die tijd een aantal lange strandwallen die het gebied er achter beschermden tegen de zee. In dit gebied ontstond een omvangrijk veenlandschap, waarvan bijvoorbeeld ook het huidige IJsselmeer deel uitmaakte.
Door de stijging van de zeespiegel kon de strandwal op den duur geen weerstand meer bieden aan de zee en op een aantal plaatsen ontstonden doorbraken. Via deze doorbraken sloeg de zee grote delen van het veenpakket weg en zette zij nieuw materiaal af: fijn zand van de bodem voor de Noordzeekust en erosiemateriaal zoals klei uit de gebergten van Midden-Europa, dat werd, en wordt, aangevoerd door een groot aantal rivieren. Verder maakt ook afbraakmateriaal van het veen deel uit van de samenstelling van de bodem.
Door de eb-en-vloedwerking van de Noordzee wordt steeds weer nieuw slibmateriaal afgezet via een stelsel van geulen en prielen. Bovendien ontstaat geleidelijk een structuurverschil tussen de hogere en de lagere delen. Het grofste en zwaarste materiaal bezinkt al in de geulen, de kleine deeltjes bezinken pas als het water volkomen tot rust komt. Op de hogere delen, waar het water het minst in beweging is, wordt zo het fijnste materiaal afgezet; op de lagere delen bezinkt alleen het grofste en zwaarste materiaal. Zo ontstaan overgangen of gradiënten tussen delen die maar zelden worden overstroomd, de kwelders, naar delen die maar zelden droog komen te liggen, de slikken.
In de Romeinse tijd en de vroege Middeleeuwen was het Nederlandse waddengebied veel uitgebreider dan tegenwoordig. Een aantal geulen, zoals de Zuiderzee, de Middelzee en de Lauwerszee, reikte tot diep in het land. Ondanks dat het gebied in die tijd op het eerste gezicht een weinig aanlokkelijk leefklimaat bood, ontstond er al gauw menselijke bewoning. De bewoners kwamen in eerste instantie af op het rijke dierenleven, waarbij vooral de goede visstand voor hen van belang was. Men ontdekte bovendien dat het slib dat de zee afzet een vruchtbare bodem vormt. Daarom werden hogere delen omdijkt, opdat ze zouden ontzilten en geschikt konden worden gemaakt voor agrarisch gebruik. Deze aanvankelijk kleine polders groeiden in de loop der tijd samen tot het kleilandschap dat we nu kennen. Daarnaast werden door afsluitingen delen van de Waddenzee drooggelegd, zoals de Middelzee en in onze tijd de Zuiderzee en de Lauwerszee, die tot zoetwatermeren werden omgevormd. 
Ook buiten de waddenzeedijk ging de landaanwinning nog lang door ten koste van het waddengebied. Met paalschermen werd de afzetting van slib bevorderd, terwijl afvoersloten zorgden voor een snelle afvoer van het zeewater. Na verloop van tijd werd een lage dijk om het nieuw gewonnen land gelegd en ontstond een polder die ’s zomers beweid en bebouwd kon worden. Buiten de zomerdijk ging de landaanwinning door en herhaalde het proces zich, waardoor de grens tussen zee en land steeds verder in de richting van de zee werd verschoven. Tegenwoordig worden in de Waddenzee geen grootschalige landaanwinningswerken meer uitgevoerd. Een aantal vroegere landaanwinningen wordt zelfs weer omgevormd tot kwelder. Een voorbeeld hiervan is Noard-Fryslân Bûtendyks, dat in de nabije toekomst (deels) als kweldergebied heringericht gaat worden.
Het waddengebied kent een groot aantal bedreigingen. De belangrijkste is de verontreiniging van water en bodem. In het waddengebied bezinken deeltjes die door de Noordzee worden meegenomen of via spuisluizen vanaf het vaste land worden geloosd. Verontreinigingen in het zee- of boezemwater komen dus direct terecht in de Waddenzee en hopen zich daar op. Dit vormt een grote bedreiging voor de planten- en dierenwereld van de wadden. Bovendien kan de toenemende voedselrijkdom van het water via uitbundige algengroei leiden tot zuurstofschaarste. Ook de combinatie van bodemdaling en zeespiegelstijging kan problemen veroorzaken. Daarnaast kunnen diverse menselijke activiteiten zoals visserij, schelpdierencultuur, gaswinning en recreatief en militair gebruik bij overmatige toepassing tot een bedreiging uitgroeien. Een extra aandachtspunt is het feit dat het waddengebied één ecologisch geheel vormt. Activiteiten die vervuiling en verstoring met zich meebrengen in een klein deel van de Waddenzee kunnen al snel gevolgen hebben voor andere delen van het gebied. Het is dan ook onmogelijk om een deel van het waddengebied af te schermen en als natuurgebied te beheren, zonder in het resterende deel dezelfde maatregelen te treffen. Anderzijds heeft de Waddenzee een groot zelfreinigend en -herstellend vermogen, doordat het een dynamisch en zich steeds weer vernieuwend gebied is.
Hierdoor zijn voor het behoud van het waddengebied op zich geen beheersmaatregelen nodig, afgezien van maatregelen tegen de genoemde bedreigingen. Wel zorgt het dynamische karakter ervoor dat door afslag en aanwas voortdurend veranderingen in de structuur van het gebied plaatsvinden, waardoor ook de samenstelling van flora en fauna verandert. Voor het beheer is dit een extra factor waarmee rekening gehouden moet worden.